Giovanni Paolo II ha usato l’espressione “nefasta separazione” per indicare il processo, iniziato nel tardo Medio Evo e accentuato nell’età moderna, in cui la legittima distinzione tra teologia e filosofia è stata sostituita da una filosofia separata autonoma e fredda nei confronti della fede. L’idea che il moderno si sia costituito come una frattura rispetto alla cultura medievale, così fortemente caratterizzata dalla presenza di Dio, è divenuta una linea interpretativa classica quando si considera che, da Descartes in poi, il concetto di Dio finisce col perdere centralità e diventa funzionale alle speculazioni dei filosofi: per i razionalisti esso garantisce il sistema deduttivo e l’applicazione di questo alla realtà, per gli empiristi Dio non è più il garante del sistema e quindi può essere escluso.
Nell’età moderna assistiamo ad un lento percorso di distacco tra ragione e fede, che servirà come base per le grandi teorie atee del XIX secolo. Questo percorso comincia con lo sviluppo di quelle linee critiche già interne all’ultima Scolastica, che portarono ad una netta divisione degli ambiti tra teologia, filosofia e scienze positive. L’Autore cerca di ricostruire i vari tasselli del mosaico, tenendo presente che si può parlare di due vie, una “ufficiale”, più lenta ed indiretta, ed una “clandestina”, più diretta ed esplicita.
