Nel corso del medioevo l’atteggiamento dei cristiani nei confronti degli ebrei era fondamentalmente negativo e si esprimeva anche attraverso le opere di una letteratura antiebraica, al cui interno spiccavano i testi di un monaco cluniacense, l’abate Pietro il Venerabile, e di un convertito spagnolo, Pietro Alfonsi. Gioacchino da Fiore conosceva questi testi, elaborando dal canto suo una posizione del tutto differente. Egli non si rivolgeva agli ebrei per convertirli, ma ai cristiani, per convincerli che con l’incarnazione di Gesù la storia del popolo di Israele non era finita: nel futuro degli ultimi tempi della storia, che secondo l’abate si stava avvicinando nei giorni in cui egli scriveva, gli ebrei e i gentili si sarebbero riuniti in un unico popolo di credenti.
Questa visione, che non trovava precedenti né ebbe seguito, fu affidata a un testo in cui Gioacchino da Fiore accumulava e commentava ampiamente brani delle Scritture sacre degli israeliti – il Vecchio Testamento dei cristiani –, trovandovi la conferma della dottrina della Trinità e la prefigurazione dell’avvento del Messia nella persona del Cristo. In tutto questo egli affidava a se stesso un ruolo analogo a quello del profeta Elia e indirizzava ai suoi ascoltatori una Esortazione a prepararsi ad accogliere insieme ebrei e cristiani alla fine della storia umana
Commentando l'Apocalisse di Giovanni, con l'intento di chiarire agli spaventati e increduli abitanti degli albori del nostro millennio la natura della fine del mondo, Gioacchino ha costruito un'opera di straordinaria forza letteraria, che ingigantisce le metafore e le immagini del testo di Giovanni. Il libro si popola di una miriade di simboli e figure che sono entrate a far parte del nostro immaginario collettivo. Il volume contiene anche una descrizione di tutte le opere di Gioacchino, del suo pensiero, delle sue influenze, che costituisce una chiara ed esauriente introduzione a un filosofo del quale si parla sempre più.
Fonti agiografiche e documentarie attestano che Gioacchino da Fiore svolse attività di predicazione, sia interna sia esterna al chiostro. Ben poco tuttavia dei suoi sermoni è giunto fino a noi: possediamo soltanto due brevi raccolte di testi, i "Sermoni e capitoli sulla lettera e lo spirito" e "Sei sermoni dell'anno liturgico", qui pubblicati nel testo latino con traduzione italiana a fronte.
È l'opera principale di teologia trinitaria di Gioacchino da Fiore. Contiene un trattato sulla Trinità, che si inscrive nel dibattito teologico del secolo XII ed è incentrato sulla comprensione della trinità di Dio nella figura dello strumento a dieci corde per la salmodia, suonato dal re Davide. Inoltre sviluppa una lettura innovativa rispetto alla tradizione dell'esegesi biblica nel suo tempo, incentrandola sul progresso della conoscenza di Dio nel corso dei tre principali stadi o "stati" attraversati dal popolo di Dio dall'inizio alla fine della storia del mondo; vi viene anche esposta una teoria della società cristiana, considerata nello spirito della contemplazione monastica.