Sulla traccia delle note lasciate nel "Giornale dell'anima" da Papa Giovanni XXIII e riproposte allo spettatore da un personaggio che funge da mediatore, il film presenta personaggi, ambienti ed episodi di maggior significato nella vita del Papa: il Parroco di Sotto il Monte, la madre, il padre, l'ambiente familiare e quello paesano, l'entrata in Seminario, l'ordinazione sacerdotale, il periodo passato a Bergamo come segretario del Vescovo. Quindi gli anni vissuti in Bulgaria come visitatore apostolico, quelli trascorsi in Turchia e in Grecia come delegato apostolico, la nunziatura a Parigi, il patriarcato a Venezia, ed, infine, l'elezione al Pontificato.